2004年12月27日，李登辉对日本进行了为期7天的“新年怀古之旅”。当月30日，台湾亲民党“立委”李鸿钧披露，台湾高铁原本与欧洲签约，但为了让李登辉赴日本，只好违约与日本新干线合作，付出的21亿元新台币巨额赔偿其实就是李登辉访日的机票。

　　值得指出的是12月16日，时任中国驻日本大使王毅曾经约见日本外务次官竹内行夫，并指出李登辉是“台独”势力的总代表，是两岸关系及地区稳定的破坏者。日本政府一方面声称坚持一个中国，一方面又为分裂中国的急先锋开绿灯，言行不一，自相矛盾。中方对此不能接受，并表示坚决反对。中国外交部也就此事向日本方面提出过严正交涉。但是，时任日本首相小泉纯一郎在接受媒体时表示“李登辉是一个普通公民，我们没有理由不让他来日本。”日本政府则在12月21日上午向李登辉发放了入境签证。与此同时，日本内阁官房长官细田博之在记者会上对新闻媒体说，“这是完全私人的旅游，所以，我希望你们不要到机场或者饭店”，“我希望你们不要把这趟旅游视为一件大事……。”

　　12月27日，李登辉从名古屋入境日本。在这次的日本行程中，可以处处看到日本新干线的影子。李登辉搭乘的游览车是日本JR东海(负责运营日本部分新干线铁路的公司)提供的，下榻的酒店也是JR东海经营的。此外，12月28日，台湾TVBS电视台记者还拍摄到JR东海社长葛西敬之出现在李登辉居住的地方，两人密谈了很久。12月29日，李登辉又在美术馆亲手做了一个陶碗，并写下“诚”字，送给他的老朋友——日本竹下登内阁时的运输大臣石原慎太郎。不少台湾“立委”质疑，李登辉频繁与日本有关人士接触，可能另有任务。

　　在李登辉返回台湾的2005年1月2日，日本共同社发表了题为“李登辉决心加强日台关系，把日本作为‘台湾建国’样板”的评论，一语道出李登辉此行的目的。评论同时指出，中国正在批判小泉首相参拜靖国神社等，通过李登辉访日可以隐约看出日本想把李登辉当成“牵制中国的牌”的想法。

　　2007年：11天“学术之旅”，参拜靖国神社

　　2007年5月30日，李登辉应日本亚洲展望论坛的邀请从台北启程，开始了卸任后第三次为期11天的所谓日本“学术之旅”。行前，李登辉在机场感慨万千地表示：“这次很有可能是最后一次访日了”。

　　对此，中国政府仍然坚持反对态度。5月29日，中国新任外交部长杨洁篪在德国与正在出席第八届亚欧外长的日本外相麻生太郎交涉，麻生太郎的回答是：“听说他不会开展政治活动”，并再次强调“日本恪守《中日联合声明》的立场并没有任何改变”。5月31日，中国外交部发言人姜瑜在例行记者会上表示，李登辉访日目的是为“台独”造势，破坏中日关系，我们对日本政府允许李登辉赴日活动表示强烈不满。但是，当时的日本首相安倍晋三采取“开放的态度”，李登辉才得以成行。

　　这是李登辉卸任后首次在东京停留，首度在日本进行演讲。6月1日，李登辉在东京国际文化会馆出席了曾于日本统治台湾时期做出“贡献”的后藤新平150周年纪念典礼，接受第一届“后藤新平奖”的颁奖。在得奖之后，李登辉以“后藤新平与我”为题作了纪念演讲。6月7日，李登辉在东京大仓饭店以《2007年及其之后的世界情势》为题进行演讲。其后，他又在秋田县国际教养大学发表了题为《日本的教育与台湾——我所走过的道路》的讲演。看起来，李登辉此行的“媚日”的学术味道很浓。

　　这个期间，李登辉6月7日在东京前往靖国神社，“祭拜”哥哥李登钦(日本名“岩里武则”)。李登辉称60年没见面的兄长入祀靖国神社，如果不去祭拜，在人情上说不通。而台湾“立法院”的国民党“立委”雷倩查出资料，指李登钦的灵位早在20年前就从靖国神社移灵至台湾新竹北埔的济化宫。所以，媒体评价李登辉此行的真正目的是挑拨中日关系中敏感的“靖国神经”。

　　或许是不满于李登辉日本之行的过于张狂，李登辉返回台湾前，在机场被中国大陆工程师薛义投掷了两瓶矿泉水。尽管如此，李登辉还是把这次日本行称为“完美之旅”。