风景名胜区的资源弥足珍贵，有效保护这些资源，不仅是可持续开发的基础，更是鼓浪屿景区的核心竞争力。为此，鼓浪屿风景名胜区十分珍惜和爱护这些资源，努力打造一个人与自然和谐相处的生态型岛屿。

1、在生态环境保护方面，全面实施涵盖全景区范围的ISO14001环境管理体系，按照国际标准制定系列环境资源保护程序、操作规程和应急预案，并组织相应演练，确保环境整洁优美和景区资源永续利用。在全省率先开展循环经济实验区工作，把发展循环经济，建立资源节约型与环境友好型社会作为增强鼓浪屿可持续发展能力的重要手段，大大削减污染物的排放，形成节水、节能、节电、绿色消费等环境行为。完成1000多户居民家庭节水马桶的安装和岛上公厕的节水设施改造；利用中水和井水进行绿化浇灌、冲洗马路和景观用水；在环鼓路（轮渡地段）安装27盏太阳能路灯；试验性改造完成2部太阳能电瓶车及1个太阳能宣传廊；建设4个小型污水处理设施并投入使用，日处理生活污水4300吨；在居民社区、清洁楼、农贸市场和宾馆酒店等垃圾较为集中的地方，安装8台生活有机垃圾微生物处理机，对生活有机垃圾进行减量化、无害化处理试验，并在岛内逐步推广。

2、在古树名木的保护方面，做到“一树一牌一责任状”，对每一株古树名木都进行在册登记，并根据古树名木所在位置与周边单位、居民签订养护管理责任状。开展古树名木的普查建档工作，对在册古树名木的生长环境进行拍摄存档，对人为的破坏、病虫害、生长状况进行分析，提出预防古树名木老化及进行保护、复壮的措施。每年根据调查跟踪情况，对存在问题的古树名木采取一系列的保护措施：如进行花池制作、破除硬铺地、拆除违章搭盖物、填补树洞、制作支撑架等。并与企业和个人签订《古树名木认养协议书》、《绿地认养协议书》等，有效地保护了岛上的自然生态资源。

3、在文化遗产保护方面，自2008年11月市委决定鼓浪屿开展申遗工作以来，鼓浪屿风景名胜区努力通过开展申报世界文化遗产工作来整治、保护、发展好鼓浪屿。目前已完成了《鼓浪屿中国世界文化遗产预备名录申报文本》及《鼓浪屿申报世界文化遗产保护与管理规划纲要》的编制工作并于2012年3月底正式上报国家文物局;启动了申遗全岛环境整治修缮工程，已完成53个申遗核心要素以及20条申遗考察线路的整治规划设计工作,完成了协和礼拜堂等26个遗产核心要素的修缮工作;委托厦门大学法学院完成《厦门经济特区鼓浪屿文化遗产保护条例》的编写，并于6月29日在厦门市十四届人大常委会第三次会议上获全票通过,定于2013年1月1日起正式施行,《条例》的颁布实施，将进一步促进鼓浪屿文化遗产的保护;结合鼓浪屿申报世界文化遗产工作，重新对一些有价值的建筑进行规划，对风貌建筑依据其历史意义、传统风格、艺术特色、科学价值四条标准进行评审，第二批351幢历史风貌建筑认定已经市政府审批通过，使历史风貌建筑保护范围的总幢数增加到391幢。按照修旧如旧的原则，几年来共完成了124幢风貌建筑的修缮工作，12幢正在修缮之中，新开发利用23幢风貌建筑，主要开辟为工作室，咖啡馆等，有效地促进了风貌建筑保护有序利用和良性循环。