建筑设计：采用三层式上进下出形式

漳州南站建筑设计采用高架候车与线下出站的布局方式，旅客流线采取“上进下出”的形式，建筑层数从下到上为出站层、站台层、进站层三层，建筑总高度约45米（从广场地面标高算起）。

出站层设置地下出站厅、售票厅和行包用房。同时在靠近站房处设有出租车及公交车停车场，在站场投影范围以外设有地下停车场，供市民停车。出站层的旅客通过楼扶梯与站台层和地下停车场联系。

站台层是长度150米的带状进站广厅。旅客在广厅门口安检后通过自动扶梯进入候车厅或直接进入基本站台候车厅、母婴候车及军人、团体候车厅。进站广厅内设售票厅、咨询台、商业服务等窗口。贵宾候车设于站房北部，单独出入口，配备专用停车场，便于旅客使用。管理办公用房设于站房南部，也设单独出入口。

进站层主要是候车厅和服务区，站台上方为进站天桥。候车厅分为南、北两个，中间部分开敞，明亮、通透，不候车的旅客可通过这里直接进站。

一般旅客主要通过地面的北广场进站，旅客进入主进站广厅后，依照显示屏指示，按车厢号选择自动扶梯到所在候车厅。站房采用“绿色通道”进站模式，旅客可自由选择进入候车厅或直接经“绿色通道”进站。这种“通过式”进站模式，满足旅客便捷、高效的出行需求，是现代车站向“公交化”、“机场化” 发展的必然趋势。

交通规划：外通内联 交通流线齐全

车站交通网络的好坏关系到日常运营及旅客疏散问题。厦深铁路漳州南站外部交通以七号路作为纵向景观及交通主轴，南环城路为横向交通主轴，形成“一纵一横”的主路网格局。同时，多条站内道路与站房、公共交通车站以及停车场直接相联系，主要解决站内各类车流与漳州南站各类交通的集散问题。

站区设置了各类交通流线。公交车停车场布置在广场西侧靠近出站口，方便旅客疏散。在广场东侧设置出租停车场，靠近出站口设上客点。供市民使用的停车场则安排在站房的地下层，泊位489个。贵宾车通过匝道进入站房东侧的停车场，方便车进出基本站台。长途停车场设置75个泊位，位于站前广场西侧，与南环城路连接，以单行方式组织车流。