第二代农民工及其市民化面临的前沿而又现实的挑战突出表现在：

（1）他们的劳动供给和就业行为明显不同于第一代农民工。在不同时代成长的农民工有着不同的阅历和自身不同特点，导致他们追求目标、偏好等不同，因此，仅仅将农民工视为同质群体的传统研究方法不能了解当今农民工劳动市场的供求状况。从经济学的角度说，第二代农民工因为他们的效用和目标函数与第一代农民工的差异导致了他们的劳动供给函数及其在劳动力市场的供求均衡点与厂商需求之间存在“缺口”而出现“民工荒”现象。

（2）他们对社会保障的需要胜过第一代农民工。在心态和观念上，第一代农民工更接近于农民，对城市认同感较低，即使在城市中无法生存时，还有回乡务农的最后一条退路。第二代农民工更接近于市民，对城市的认同感较高，但与城市劳动力相比，由于缺乏必要的专业技能和进入正规就业市场的本领，心中过高的期望与所面对的非正规就业市场，形成巨大落差，在城市中无法实现真正立足，但也不愿甚至没有能力退回到农村中务农，成为了城市和农村之间真正的“两栖人”。第二代农民工不仅需要劳动权益的保护，而且需要社会失业救急网络的保障。

（3）他们的市民化问题如不能顺利解决，将直接关系到城乡的社会稳定。与第一代农民工相比，第二代农民工是更需要市民化也是更容易市民化的群体。他们更加渴望城市的文明，意识和行为已接近于城市人，但因为个人、制度和市场等多方面原因依然滞留在农民工队伍中。随着第二代农民工进入城市的规模越来越大，如果长期不能迈过市民化这道“门槛”，累积到一定时期和规模时很有可能引发为比较严重的社会问题。