至1930年5月，闽西党组织得到较大发展，全区已有县委6个、区委53个、特支19个、支部546个，党员约1万人；苏维埃政权有县苏6个、区苏62个、乡苏557个。7月，中共闽西第二次代表大会召开，大会接受和执行李立三“左”倾错误主张，随后将党团合并成立闽西总行动委员会，执行“左”的政策，使苏区工作造成很大损失。11月，恢复并改组中共闽西特委，停止执行李立三“左”倾错误。12月，成立中共闽粤赣边区特委，原闽西特委机关撤销，闽西苏区各县委直属闽粤赣边区特委领导。1931年6月，闽粤赣边区特委改为中共闽粤赣苏区临时省委；9月，赣南、闽西连成一片，闽西革命根据地成为中央革命根据地的重要组成部分。1932年3月，闽粤赣省委改为中共福建省委；全省召开第一次工农兵代表大会，成立福建省苏维埃政府。但是，由于受到王明“左”倾教条主义的严重干扰，闽西革命根据地党的组织建设和地方政权、经济、文化建设遭到破坏，革命力量受到削弱。

1934年10月，主力红军长征后，留在闽西的地方干部、红军和游击队转入深山密林，坚持游击战争。1935年4月，闽西南军政委员会成立，在张鼎丞、邓子恢、谭震林等领导下，坚持了艰苦卓绝的三年游击战争。1936年1月，党的地方组织逐步恢复和建立，成立了龙岩、永定、上杭、岩南漳、岩永靖、永和靖、岩连宁、永埔等8个县的军政委员会，另有区委50余个，支部400个左右，党员3000余人。

抗日战争爆发后，根据中共中央指示，于1937年10月成立中共闽粤赣边省委，撤销了闽西南军政委员会。此时，闽西地方党组织下辖的汀州工委、连城工委、龙岩县委、永杭县委、永和靖县委，由省委直接领导，有支部90个，党员3398人。在第二次国共合作的形势下，闽西南红军游击队改编为新四军二支队，于1938年3月开赴皖南前线抗日。1938年6月，中共闽粤赣边省委改称为中共闽西南特委；1939年1月又改称为中共闽西南潮梅特委。3月，特委机关从龙岩迁往广东梅县后，为了便于领导闽西南党的组织，成立了中共闽西南分委。1940年冬，中共闽西南分委撤销。1941年1月，重新选举产生了中共闽西特委。同月，闽西国民党顽固派策划了“闽西事变”，闽西地方党组织被迫转移上山隐蔽活动。1942年6月，由于发生“南委事件”，形势恶化，南委机关撤退转移。10月，根据南委的指示，开展“勤职、勤学、勤交友”的三勤活动，并继续贯彻执行“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的十六字方针，将特委、县委委员会制改为特派员制，党员分散进入偏僻山区，开展生产自给运动。1943年10月，中共闽粤边委（下辖中共闽西特委等3个特委和大埔中心县委）作出“恢复武装自卫，解决经济困难”的决定后，闽西地方党组织逐步得到恢复，这时辖有永和埔、杭永、龙岩等县县委。