非公有制经济产业结构也依然存在着层次不高等问题，突出表现为传统制造业和第三产业比重高，现代服务业、金融保险业、垄断行业比重低；流通服务型企业多，生产型企业少。多数非公有制企业仍处在以资源开发和劳动密集型为主的产业链下端，比如内蒙古70%以上的非公有制企业不具备自主研发能力，80%没有设立研发机构，这在相当程度上影响了非公有制企业核心竞争力的提高

进入新世纪以来，我国非公有制经济取得长足发展，成为推动国民经济持续稳定发展的一支重要力量。在科学发展观指导下，非公有制经济不断进行产业结构调整，使之逐步优化升级。以内蒙古为例，在全区私营企业中增长最快的是金融业，同比增长72.27%，其次是农林牧渔业，同比增长36.61%。外商投资企业主要分布在第三产业，占外商投资企业总数的81.19%。外商投资企业以从事信息传输、计算机服务和软件制造业居多，占外商投资企业总数的55.86%。个体工商业主要分布在批发和零售业、居民和服务业、住宿和餐饮业、交通运输和仓储业、邮政业等领域。私营企业主要分布在批发和零售业、制造业、租赁和商务服务业等领域。

但是，与此同时，非公有制经济产业结构也依然存在着层次不高等问题，突出表现为传统制造业和第三产业比重高，现代服务业、金融保险业、垄断行业比重低；流通服务型企业多，生产型企业少。多数非公有制企业仍处在以资源开发和劳动密集型为主的产业链下端，比如内蒙古70%以上的非公有制企业不具备自主研发能力，80%没有设立研发机构，这在相当程度上影响了非公有制企业核心竞争力的提高。

造成非公有制经济产业结构层次不高的主要原因有：一是由于中小企业居多，经济实力较弱，加之金融机构贷款门槛较高，所以很难进入资本市场融资，主要靠自我积累、民间借贷和小额贷款，融资成本较高。比如2009年底，内蒙古全区小企业新增贷款236.1亿元，占全部企业新增贷款的18.2%。目前，鄂尔多斯市民间借贷资金总量达300亿-500亿元，绝大多数中小企业依赖民间借贷，仅有1/3来自金融机构贷款。“融资难”成为约束产业结构优化提升的瓶颈之一。二是针对非公有制企业的政策性、体制性限制因素仍然较多。比如在铁路、城市供水、供热、供气等行业，垄断经营仍普遍存在，还没有形成平等的市场竞争环境，影响着非公有制经济的产业结构调整。三是多数非公有制企业实行传统家庭式管理，实现现代企业制度的为数不多，治理结构不完善，影响了产业结构调整。